Начало изучения Воронежского края восходит к 1800 году и связано с трудом Е.А. Болховитинова "Историческое, географическое и экономическое описание Воронежской губернии", ставшим первым комплексным исследованием края.
Традиции Е.А. Болховитинова были продолжены статистическим комитетом, прежде всего такими его представителями как Н.И. Второв, начавший разбор и публикацию документов XVII - XVIII вв. ("Воронежские акты"), проводившим этнографические обследования и явившимся одним из основателей Воронежского губернского музея. Всё это способствовало тому, что Воронеж был признан благоприятным местом для создания архивной комиссии.
На первом общем собрании членов Воронежской комиссии историко-археологическое направление называлось как одно из ведущих в её будущей работе, что предполагало проведение обследований-разведок, составление на этой основе археологических карт, а также изучение конкретных памятников. Определённого плана археологических исследований не существовало, на практике проведение раскопок часто зависело от случайности. Надо учитывать также неразработанность методики выявления памятников археологии, когда основное внимание уделялось городищам и курганам, т.е. тем, которые достаточно легко выделяются на местности.
Воронежская архивная комиссия занималась в основном изучением скифских и славянских памятников. Разработка первого в Воронежской губернии была связана с раскопками двух памятников - Мастюгинских и Частых курганов.
Изучение Мастюгинского могильника Коротоякского уезда начал в 1905-1906 гг. известный русский археолог А.А. Спицын. Приглашение квалифицированных специалистов-археологов с целью проведения раскопок было распространённым для архивных комиссий явлением. Полученный материал поступил в Эрмитаж.
Могильник "Частые курганы" (сейчас это окраина г. Воронежа) - уникален как по богатству материала, так и по своему географическому положению. Это северная граница проникновения скифских племён в бассейн Дона. Раскопки были начаты в 1910 г. по инициативе членов комиссии А.И. Мартиновича и С.Е. Зверева. В течение четырёх полевых сезонов было вскрыто 13 курганных насыпей, т.е. 1/3 могильника. Наиболее интересные находки поступили в Эрмитаж, часть материалов была передана в губернский музей. В кургане № 3 была найдена серебряная, со следами позолоты, богато орнаментированная ваза с изображением сидящих на камнях трёх пар скифов была преподнесена председателем комиссии графом П.А. Апраксиным в дар царю. В ответ на это подношение старинный дворец, построенный в городе ещё в XVIII веке для последнего крымского хана Шагин-Гирея, принадлежащий военному интендантству, был передан Воронежскому музею. Сейчас "Воронежский сосуд" находится в Эрмитаже, широко известен, в частности, изображения на нём скифов были использованы антропологом М.М. Герасимовым при создании скульптурного портрета скифского царя Скилура.
Внимание членов Воронежской архивной комиссии к славянским памятникам было обусловлено интересом к вопросам заселения края, попытками локализации местонахождения города Воронежа. Последняя проблема особенно волновала С.Н. Введенского и С.Е. Зверева, развернувших в "Трудах" комиссии научную дискуссию. С.Е. Зверев предпринял в 1904 году обследование окрестностей города в пределах 30-40 км для доказательства существования летописного Воронежа. Проводились также раскопки славянских памятников на реке Воронеж:
Кузнецовского городища, Лысогорского могильника, курганов у с. Шилово и др.
Предпринимались попытки исследовать Маяцкое городище (памятник салтово-маяцкой культуры, государственная культура Хазарского каганата). Здесь работал воронежский краевед Милютин А.И. и профессиональные археологи Спицын А.А., Макаренко Н.Е. Много интересного поведали стены Маяцкой крепости. И самое удивительное - это рисунки и надписи на меловых камнях-блоках, из которых были сложены стены крепости.
Заложенные комиссиями основы изучения губерний в археологическом отношении способствовали дальнейшему развитию археологических исследований, в которых прослеживается преемственность научных интересов.